L’Institut Michel Serres fut fondé en 2012 sur la problématique des ressources et des biens publics.
Il a été conçu comme un creuset, dans lequel se rejoignent aussi bien la recherche scientifique que les initiatives portées par les organisations de la société civile ou les citoyens eux-mêmes, pour retisser des liens positifs, à l’échelle des territoires, entre la santé des milieux naturels, la santé humaine et la santé « sociale ». L’Institut a ainsi défendu, dans le cadre du « Programme Lascaux », la « démocratie alimentaire ».

En 2015, l’Institut Michel Serres a ouvert un nouveau chantier, en facilitant les rapprochements entre les sciences de la nature, le juridique et le numérique, pour faire progresser les méthodologies d’évaluation et de suivi du « capital naturel », considéré comme désignant un système intégré de ressources (y compris humaines) et de biens communs écologiques, et développer des outils pour le prendre en compte dans les protocoles de décision publics et privés. A travers les nombreuses actions conduites depuis sa création, l’Institut a développé un important réseau de soutien, en France comme à l’international, tant dans le domaine scientifique qu’auprès des institutions publiques et des collectivités. Cette légitimité et cette reconnaissance constituent des atouts pour le succès des nouvelles expérimentations, recherches et enquêtes que l’Institut souhaite désormais pouvoir se donner les moyens de conduire avec la « Fondation Michel Serres pour le Contrat naturel ».